Molekularbiologische Artbestimmung

Steriles pipettieren von DNA-Material.

Am LTZ haben sich die Anwendungsgebiete für molekularbiologische Verfahren in den letzten Jahren sehr stark erweitert. Für verschiedene praxisrelevante konnten neue molekularbiologische Untersuchungsmethoden zur Identifizierung und Differenzierung von Spezies erarbeitet, etabliert und weiterentwickelt werden. Zum Einsatz kommen PCR-basierte Techniken wie spezifische PCR-Nachweise, Realtime PCR, RFLP-, AFLP- und Mikrosatelliten-Analysen sowie Sequenzierung. Für diese Untersuchungstechniken benötigt man DNA in bester Qualität, die je nach Untersuchungsmatrix (Bakterien, Pilze, Arthropoden, Pflanzen) mit entsprechenden Reinigungsmethoden gewonnen wird.

Molekularbiologische Analysen ermöglichen ohne zeitaufwändige Probenaufarbeitungen durch Waschschritte oder Anzucht von Bakterienkolonien und Pilzen eine schnelle und zuverlässige Diagnose.

Hierzu zählen:

  • Qualitative und Quantitative Bestimmung von Tilletia spp. mittels PCR in Futtergetreide; Artendifferenzierung von Tilletia caries (Weizensteinbrand) und T. controversa (Zwergsteinbrand)
  • Spezifischer PCR-Nachweis von Fusarium-Arten in Futtermittel

Mittels Sequenzierung der verschiedenen DNA-Abschnitte wie z. B. des 16S-rRNA-Gens oder spezifischer PCR-Nachweise werden unterschiedliche Bakterienarten bestimmt:

  • Clostridien – Spezifischer Nachweis des Rauschbranderregers Clostridium chauvoei und des Gasbranderregers C. perfringens mittels Realtime PCR; weitere Arten können mittels Sequenzierung identifiziert werden
  • Intestinale Enterokokken – PCR-Nachweis spezieller Pathogenitätsfaktoren (IS16, eps, hyl) und Artenidentifizierung mittels Sequenzierung
  • Milchsäurebakterien – spezifischer PCR-Artennachweis
 

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